軟件著作權侵權認定方式主要包括以下幾個方面：
1. 接觸侵權：即被控侵權人接觸了權利人的軟件作品。這可以通過源代碼、目標代碼、程序文檔等來判斷是否接觸過軟件作品。如果接觸過，則有可能存在侵權行為。
2. 實質性相似侵權：即被控侵權軟件與權利人軟件作品存在實質性相似之處。這需要對比雙方軟件的代碼、結構、界面設計、功能設置等方面是否存在相似性，并且這種相似性要達到較高的程度。在實質性相似性的判斷過程中可以采用反向工程技術等方法獲取軟件源代碼等資料進行對比分析。
3. 發(fā)行侵權行為的認定：如果行為人未經(jīng)許可復制發(fā)行他人的軟件作品，即構成侵權行為。這里的復制可以是光盤制作復制等行為。根據(jù)具體情況還可以對侵權行為進行合理的定性處理。根據(jù)復制的數(shù)量等因素侵權行為判定不同的侵權行為后果。如果侵權人非法復制發(fā)行軟件的獲利數(shù)額較大或者有其他嚴重情節(jié)的行為構成犯罪，將面臨刑事處罰的風險。
除了以上幾種方式外，還可以通過其他證據(jù)來證明軟件著作權侵權，如源代碼、許可證協(xié)議等書面證據(jù)，以及專家鑒定意見等。同時，在進行軟件著作權侵權認定時，還應結合法律法規(guī)和相關判例進行綜合判斷。如果需要進行法律維權，建議咨詢專業(yè)律師以獲得更為精確的建議和幫助。
以上內容僅供參考，如有任何疑問，建議咨詢法律相關的專業(yè)人士或機構。
